Las islas Lofoten se caracterizan por sus montañas y picos, isletas al abrigo del las aguas abiertas del océano, playas y grandes áreas vírgenes. Al igual que casi toda la costa noruega, su geografía se encuentra profundamente recortada por fiordos. La mayor montaña de Lofoten es Higravstinden (1161 m) en Austvågøy; el Parque nacional de Møysalen​ al noreste de Lofoten tiene montañas que alcanzan los 1262 m. El sistema de mareas Moskstraumen o sistema de mareas de Maelstrom se encuentra al este del archipiélago. El mar es rico en vida, y el mayor arrecife de coral en aguas profundas (arrecife de Røst, de 40 km de longitud) se encuentra al oeste de Røst. Hay una alta densidad de población de pigargos y cormoranes, y millones de otras aves marinas, entre ellos los coloristas frailecillos atlánticos. Son comunes las nutrias, y hay alces en Austvågøy.